Pour mener à bien ses missions, le CAMES a développé des actions de partenariat en direction de plusieurs institutions dont les principales sont entre autres :
L’Agence Universitaire de La francophonie (AUF)
L’Association internationale des universités (AIU)
L’Association des Universités Africaines (AUA)
La Conférence Internationale des Doyens de Facultés de Médécine d’Expression française (CIDMEF)
La Communauté Economique des Etats de l’Afrique de l’Ouest (CEDEAO)
La Communauté Française de Belgique
La Conférence des recteurs des universités francophones d’Afrique et d’Océan Indien (CRUFAOCI) (...)

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